La verdad es que ElJavista tiene razon, si no sabes ni siquiera por donde empezar es mejor que desistas o bien utilices una aplicacion prefabricada.
Como bien expusieron, un sms te puede ser util, pero solo en la parte corporativa del proyecto, en la otra parte, sobre los alumnos, te recomiendo pruebes estas dos aplicaciones
http://moodle.org/ http://www.dokeos.com/
Estos son dos softwares para formar intranet para universidades e institutos, son bastante flexibles, y si bien no estan pensadas para colegios, te pueden sacar de apuro, luego con el tiempo cuando aprendas a programar de verdad, podras ajustarla a las necesidades reales.
saludos.