Mis impresiones de safe_mode basadas en mi experiencia, pero antes de inicia quisiera indicar que safe_mode no ser{a soportada en PHP6 y que en PHP5.3 es obsoleta:
http://php.net/manual/en/features.safe-mode.php
"Safe Mode is deprecated in PHP 5.3.0 and is removed in PHP 6.0.0."
Ahora si mis impresiones:
safe_mode debe ser activado de forma predeterminada en los servidores por razones de seguridad. Sin embargo, algunos scripts no son compatibles con este por lo que puede ser desactivado y reemplazarlo con otras medidas que aportan igual seguridad, por ejemplo consigurar suPHP, también en la configuración del php.ini usar "disable_functions" para deshabilitar las funciones que pueden ser consideradas peligrosas para hosting compartido, entre ellas: system,system_exec,shell,shell_exec,exec,passthru, escapeshellarg, escapeshellcmd,proc_close,proc_open,ini_alter,dl, popen,parse_ini_file,show_source
Podrás encontrar quienes lo mantienen habilitado o deshabilitado, porque al igual que yo pueden tomar la decisión en base a la experiencia que han tenido de su uso.