Supongo que buscas un codigo parecido a esto:
Código PHP:
$variable = "<html><head><title>prueba</title><script>alert('prueba');</script></head><body>prueba</body></html>";
$variable2 = explode("<script>",$variable);//partimos en dos el código
$script = explode("</script>",$variable2[1]);//partimos la segunda parte de lo que acabamos de hacer en dos nuevamente
$script = $script[0];//cogemos la primera parte, que es el script
Ya dirás