¿como vas a tramitar los pagos? ¿a través de paypal? supongo que al ser importes pequeños, y que puede ser comprado desde cualquier parte del mundo, será un sistema de éstos.
Cierto que en algunas webs estás registrado como simple usuario, y a veces ni eso, y luego cuando compras su sistema de pago es el que recoge todos los datos.
Si usas algún sistema de carrito online prefabricado, puedes configurar el tema de impuestos según el país del comprador y luego tramitar el pago por paypal. Inlcuso hay algunos carritos, como OpenCart si mal no recuerdo, que ya contemplan la venta de productos digitales, por lo cual cuando el pago ya ha sido efectuado, el cliente ya puede descargarse el producto que ha comprado.
El tema de ebook, al ser un producto digital, pues se entiende como "servicio" (por decirlo de alguna forma). Por este motivo, si os fijáis, el ebook, todo y ser un libro,
no tiene "iva de libro" 
A parte del cuadro de la AEAT, en este post tambi´n puedes ver un mini resúmen:
http://foros.areadepymes.com/viewtop...=33449#p161755
En este artículo también se entiende más:
http://www.pymesyautonomos.com/fisca...iones-y-el-iva
Como puedes comprobar, la parte más tocho de vender productos digitales, es la de los impuestos...
si si