Pues eso se trató aqui (solo merece la pena leer las dos primeras páginas, luego es un desvirtúe):
http://www.forosdelweb.com/f53/vivan-las-tables-856285/
Pero desde lo que sé te digo que CSS te permite jugar de forma más amplia con los scripts y maquetar cosas específicas, es decir, no tiene tantas limitaciones como puede tener tablas además de que se necesitan menos líneas. Tablas está bien para comenzar, pero si puedes usar CSS es preferible que lo hagas.
Saludos =)