No tiene nada que ver con Codeigniter, es un problema de Links. si a tu link lo pones de esta manera
<a href="hola/saludo">Hola</a> te va a tomar como referencia la ruta actual donde estas.
Para eso se usan las rutas asi:
EJM
<a href="/misitio/saludo/hola">hola</a>
<a href="http://localhost/misitio/saludo/hola/">hola</a>
Hay varias maneras de configurarlo para hacer el sitio portable. Mira el archivo config.php
Saludos.