Prueba así
En la página
<script type="text/JavaScript">
alert('hello world');
</script>
o bien
myStringVariable = "Welcome";
ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "myalert", "alert('" + myStringVariable + "');", true);
Tambien hay controles personalizados
http://www.codeproject.com/KB/webfor...leControl.aspx