Como sumo una columna de una matriz con datos ya ingresados?

[sam90]

de las misma forma que podes usar el valor de una matriz (arreglo[i][2]) tambien podes asignarle el datos que quieras:

arreglo[i][j] = 0;

Ahora si metes esa instruccion en dos for anidados que recorran los valores de la cadena, asi llenarias de cero tu matriz.