Dudas de conceptos con hibernate,annotations,EJB3

[Parche_]

Hola buenas tardes, cuanto más leo más confuso estoy. Estoy empezando con hibernate.

Al principio mapeaba las clases con hibernatetools, generaba hbm.xml y usaba métodos como createquery,get,....

Luego investigué con las annotations y los entitymanager.

Más tarde seguí investigando y llegué a spring y la clase hibernatedaosupport y sus métodos.

Y entre todo esto hay conceptos que no logro captar como EJB,EJB3,JPA,JANDI,java annotations,hibernate annotations..

Mi idea es aprender a separar las capas mvc lo mejor posible utilizando hibernate annotations en la persistencia, pero sinceramente me lio con tantas opciones a tomar. ¿cuál es la más productiva y como hacerlo? Si alguien puede guiarme un poco y aclararme algunos conceptos le estaría agradecidisimo.