Las conexiones persistentes no influyen para nada a la hora de acceder a varias BD diferentes ..
Lo que si que tienes que usar SIEMPRE son los "links" de conexión de la BD que estas trabajando ..
Osese ..
Código PHP:
$link_db1=mysql_connect(); // la conexión de la BD1
$link_db2=mysql_connect(); // la conexión de la BD2
mysql_select_db("nombre de la BD",$link_db1); // seleccionas la BD de la conexión 1
mysql_select_db("nombre de la BD",$link_db2); // seleccionas la BD de la conexión 2
// Se selecciona es la BD de la conexión de link usado en el 2º parámetro ..
$consulta_db1=mysql_query("SQL ...",$link_db1); // Ejecutar consulta en la conexión 1 y BD 1.
$consulta_db2=mysql_query("SQL ...",$link_db2); // Ejecutar consulta en la conexión 2 y BD 2.
// y tus mysql_fecht_array() o lo que necesites de $consulta_db1 o $consulta_db2
// etc código y ...
$otra_consulta_db1=mysql_query("SQL ...",$link_db1); // Ejecutar consulta en la conexión 1 y BD 1.
// y tus mysql_fecht_array() o lo que necesites de $otra_consulta_db1 o $consulta_db2
El "truco" está en usar SIEMPRE el $link de conexión y que este ha de ser diferente en todas las BD q uses .. Si solo usas una conexión a una sola BD .. puedes omitirlo usarlo ... pero si usas mas de una a la vez necesitas usarlo SIEMPRE.
Un saludo,