IE ??
antes de continuar con tu diseño te recomiendo que te enfoque en un navegador estandar, para que cuando te metas a ie sea mas facil solucionar el problema
y para solucionar el problema, posiciona en absoluto, y pon el z.index mas bajo, para tu iframe, metelo en una capa, y esta capa posiciona en absoluto (top: 50px, left 0; bottom: 0; right: 0;) esta pon un valor menor de z.index al del menu, tu iframe dale tamaño de 100% en width y height y posiciona relativamente
espero que funcione, no lo he probado, pero estoy seguro que funcionara, si no avisame y te doy otra solucion