Hola.
Nunca eh trabajado con servidores cvs pero me imagino que puedes hacerlo asi:
cvs -d
[email protected]:/var/lib/apps co /opt/lamp/htdocs/app1
o sino:
1.- primero entra a /opt/lamp/htdocs
2.- cvs -d
[email protected]:/var/lib/apps co app1
Suerte.