¿Hemos de suponer que matBuscar es un String que proviene de hacer un readLine al txt (usando un BufferedStreamReader) en la linea N?
Sea la linea N la siguiente:
matBuscar = "1430943,Edgar,
[email protected],80,80,90,80,70,80 .0";
En ese caso si haces un "while" estarías recorriendo todo ese conjunto de datos separados por "," desde el primer elemento hasta el último. Si quieres tomar únicamente el primer elemento te llega con sustituir el while por un if.
Si el formato de matrícula es sólo de números igual podrías pensar en utilizar una expresión regular para hacer la verificación.
Un saludo.