Comparar 2 tablas y mostrar registros que no se encuentran en una de ellas

[gnzsoloyo]

En ambos casos usas la misma sentencia:

Código MySQL:

SELECT * 
FROM productos 
WHERE productos.cod_producto NOT IN (SELECT cod_producto FROM archivos);
 

Pero deduzco que no es en este caso que te está produciendo un error, porque ninguna de las dos formas contiene esta parte:

#1064 - You have an error in your SQL syntax. Check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'SELECT cod_producto FROM archivos
LIMIT 0, 30' at li

Ninguna de las dos que posteas contiene la parte resaltada: LIMIT 0, 30, por lo que o se trata de otra sentencia, o no estás posteando el fragmento de código completo.

Si no ubicamos exactamente la que produce el error no podemos ayudarte, porque debemos analizar un error sintáctico... y eso no es algo genérico. Sólo se da en ese caso.