Bueno... probé hacerlo de estas 2 maneras:
Código PHP:
$result = mysql_query("SELECT * FROM productos WHERE productos.cod_producto NOT IN (SELECT cod_producto FROM archivos)", $conexion) or die(mysql_error());
Código PHP:
$sql = "SELECT * FROM productos WHERE productos.cod_producto NOT IN (SELECT cod_producto FROM archivos)";
$result=mysql_query($sql) or die (mysql_error());
La verdad, nunca me pasó esto por eso mi intriga en el xq puede ser que suceda.
Gracias nuevamente.