Seguramente es porque seleccionaste un botón para ponerle código y estás usando
AS 3.0, por ejemplo. En AS 3.0 las acciones se colocan en el fotograma y no en el botón, por eso no funciona. Para cambiar de versión tenés que ir a
Archivo > Configuración de publicación > Pestaña Flash > Script:
http://img59.imageshack.us/img59/3550/versionas.jpg
Saludos!!