Prueba aumentando el max_
execution_time y el
memory_limit en php.ini, quizás te ayude a solventarlo. Igualmente primero te sugiero analizar los logs de apache mientras ejecutas el script, será lo ideal para ver si éste es el motivo.
Cita: al hacer ese cambio de 30 a 60 segundos, puede provocar errores leves o graves en el VPS o demas páginas lojadas?
No debería afectar de manera grave las páginas alojadas.
Saludos,