Hola,
Por lo que tengo entendido (por lo menos con php) no aparece en el URL tu index.php. Pero bueno, que extensión es tu index? Si no es php, prueba en guardarlo con esa extensión y subelo al servidor. Obviamente, ingresá solo con el nombre, es decir,
www.tuweb.com y seguramente no aparecerá tu archivo principal.
Saludos!