Mysql si esta configurado con sus valores por defecto, no toque nada.
Y no entiendo que queres decir con "tienen los indices correctos".
Hoy knownhost me mando un correo con:
Cita: The problem is still in place and needs to be resolved as soon as possible. Your CPU usage is much higher that what it suppose to be. With your current usage your best bet would be to move the site that uses the XXX database to a dedicated server.
:S
No dejo las conexiones mysql abiertas (las cierro al final de la web).
Cuando esta andando bien el vps y en la hora que mas entran, llego a los 1500 usuarios online (segun amung.us). Y cuando se cae tengo 300 o menos. Y lo raro es que en hostgator andaba mejor :|.. (y es un servidor compartido) llegaba a tener picos de 3000 onlines y este se cae cuando llego a mas de 1500 :S..