Buenos días Inicia:
¿Estás seguro que con los parámetros que le envías al SP entra por el ELSE?, por lo que comentas creo que siempre está entrando por la parte del IF, por lo tanto no realiza ninguna eliminación.
Te recomiendo que pongas algunos print para ver el flujo de ejecución de tu procedimiento almacenado, para verificar que entre en las opciones que quieres.
Por otro lado no sé por qué utilizas esto IF isnull(@Grupo,'')<> '', si puedes preguntar directamente así
Saludos y espero que pronto encuentres el error
Leo.