Hola chelodelsur, en lo particular no veo nada raro en la consulta, te recomiendo hagas una prueba por separado para ver qué te está regresando cada una de las sumatorias, tal vez SUM(id) te está regresando un 1 y por eso te muestra el mismo resultado.
Código SQL:
Ver originalSUM(CASE WHEN campo1 = '' THEN 1 ELSE 0 END) Suma_1, SUM(id) Suma2
Tal vez sería mejor que nos comentaras cuál es la estructura de tus tablas con algunos datos de ejemplo y que nos dijeras qué es lo que quieres hacer, tal vez exista alguna otra forma para poder obtener lo que deseas.
Saludos
Leo.