Hola!!
Gracias _ssx por tu solución temporal, ya que me ha sido util hasta ahora.
Al fin se ha solucionado el problema, posteo la solucion por si le pasa a alguien.
Para trabajar directamente con la bd conectaba con phpMyAdmin, mediante el usuario root. ahun tener todo configurado para usar utf8, algo ocurria, ya que se veian caracteres mal codificados.
La solución ha sido desde phpMyAdmin crear un nuevo usuario, con todos los permisos excepto el de 'SUPER' y cambiar la configuración del archivo phpMyAdminconfig.inc.php :
Código PHP:
Ver original$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'nuevoUsuario';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = 'contraseña';
para que phpMyAdmin conecte a través de este usuario. En el proyecto Zend también he cambiado el usuario de la base de datos, asignando este mismo, y se ha solucionado el problema de la codificación.
Espero que le sea de utilidad a alguien!
saludos