Hola:
Con lo que te ha dicho C2am puede que soluciones lo que quieres. Si deseas que el contenido quede a la misma altura que el menú suprime el
clear:both de
#contenido.
Otra cosa, si el contenido lo flotas a la derecha no es necesario que le pongas el
margin-left.
No he entendido bien lo que mencionas del cuadro negro porque no aparece en tu código ¿Quieres colocarlo debajo del menú?
Saludos.
