Una pregunta,
Las querys están en la misma base de datos?
Quiero decir, no tendrás unas tablas en una base de datos y otras en otra...?
Porque si es así, en la documentación oficial de php dice claramente que :
Be aware that this function does NOT switch back to the database you were connected before. In other words, you can't use this function to temporarily run a sql query on another database, you would have to manually switch back. Users are strongly encouraged to use the database.table syntax in their sql queries or mysql_select_db() instead of this function.
http://es.php.net/manual/en/function.mysql-db-query.php
Es decir, si este fuera el caso tienes que volver a lanzar un mysql_select_db según he entendido yo.
Si no es eso, pon el código desde la primera query hasta la última porque se hace difícil hacer una traza.
Un saludo.