Hola,
Probaste en usar tu convert en tu localhost? Prueba con hacerlo sin dar muchas vueltas con las rutas, create una carpeta en tu unidad principal, por ejemplo:
C:\Prueba, ahí adentro pone cualquier archivo con la extensión que querés convertir, y prueba en tu php de la siguiente manera:
Código PHP:
Ver original<?php
exec("convert C:\Prueba\mifile.png C:\Prueba\minewfile.png", $result); ?>
Y de ésta forma debería funcionarte sin problemas.
Un saludo.