Hola a todos amigos. Pueda ser que esté equivocado y estaré dispuesto a reconocerlo. Y puede ser que este caso no sea 100% igual al problema que tuvimos hace un año, pero solo les comento el problema que tuvimos y como lo fuimos solucionando.
Lo que si les puedo garantizar es la experiencia que tuvimos. Hace 1 año duramos como 2 semanas tratando de resolver ese problema. Investigamos e investigamos y pudimos ver que uno de los compañeros de trabajo tenía en su computadora el problema.
Eramos 3 personas que trabajamos en ese sitio. Aunque suene raro, decidimos cada uno, revisarlo con un antivirus el sitio web que estaba en nuestras computadoras de trabajo (el que trabajamos como Localhost que es una copia de lo que había en el servidor). No recuerdo el mensaje que informaba el antivirus, pero decía que había un tipo de infección. Los archivos del sitio que estaban en el servidor, lo borramos (los archivos) y de nuevo subimos los archivos "limpios". A partir de ahi, comenzamos a ver cambios hasta que gracias a Dios, llegamos a solucionar el problema.
Esa fué nuestra experiencia. Amigo, espero haberte ayudado en algo. Saludos.