Guardar en Array el resultado de varias consultas

[repara2]

Antes de continuar comprueba que la variable $resultado en este punto no tiene valor o es un array vacío:

Código PHP:

      $resultado = array_merge($resultado,$result); 
   

$resultado es el merge de nada + $result (suponiendo que hayas posteado el código completo).

Por otra parte, incrementas dos veces el valor de $i, una en el for y otra forzada por tí (tal vez es lo que quieres):

Código PHP:

  $resultado = array_merge($resultado,$result);
$i++; //Este incremento ya se hace en el for, necesitas otro? 
   

Puedes intentar debugear así:

Código PHP:

  error_reporting(E_ALL);
ini_set("display_errors",1);
 
$arVariosSitios = array(2,3,4,5,66,76,43,23,49,90,87);
 
$consulta = "SELECT oc.ids as ids, oc.numero as num ..... FROM orden_compra_, orden_detalle .... WHERE ....... AND ..... ";
 
for ($i=0;$i < sizeof($arVariosSitios) ;$i++)
{
    if (($arVariosSitios[$i]))
    {
        $consulta .= " AND sitio = ".$arVariosSitios[$i];
    }
 
    $consulta .= " ORDER BY oc.oficina_fk, numero";
    $result = mysql_query($consulta, $conexion);
    $resultado = array_merge($resultado,$result);
    //$i++;
} 
   

Espero que sirva, saludos