el temporizador lo puedes hacer con
setTimeout e indicando el tiempo que debe transcurrir antes de invocar las instrucciones. sin embargo, si deseas mostrar un contador, podrías usar
setInterval para actualizar un contador cada cierto tiempo. en la red hay muchos ejemplos, es cuestión de buscar por los terminos
javascript countdown o similar. por otro lado, no puedes ejecutar una función de php desde javascript ya que son diferentes entornos de ejecucción: servidor y cliente. lo más que puedes hacer es cargar una nueva url donde se invoque las instrucciones php que deseas o mediante AJAX para no refrescar la página.