cuando usas padding... el width cambia, osea si tu width era de 100px y le das un paddin-left de 10px el width cambiara a 110px asi que cuando des padding restale al width osea que si el padding-left es de 10 el width cambialo a 90px.
el margin lo que hace es empujar todo el div, al contrario que el padding este no se crece al agregarle margin, solo lo empuja, igualmente empujara a todos los elementos que tienen a su alrededor....
asi que ten a la mano una calculadora cuando maquetes jajaja