problema con una consulta contable

[gnzsoloyo]

Yo veo dos formas básicas de lograrlo.
1) Con una cláusula poco usada que es la de OR exclusivo: XOR. Esta cláusula solo da TRUE cunado uno solo de los dos parámetros es TRUE.
En este caso podría ser:

Código MySQL:

SELECT
  TIDOC_DB.NOMBRE,
  DOCU_DB.NUMFACT,
  fecha,
  SUM(debe) deb,
  SUM(haber) hab,
  SUM((DOCU_DB.DEBE - DOCU_DB.HABER)) total
FROM
  CLIEN_DB INNER JOIN DOCU_DB ON CLIEN_DB.NREGUIST = DOCU_DB.NRUTFACT
  INNER JOIN
  TIDOC_DB ON DOCU_DB.TDOCNETEO = TIDOC_DB.NUM
WHERE
  (DOCU_DB.NRUTFACT = '4990')
  AND
  (FECHA BETWEEN '01/01/2005' AND '31/12/2010')
  AND
  (DOCU_DB.DEBE XOR DOCU_DB.HABER)
GROUP BY  numfact, codigo, nombre, fecha
HAVING SUM((DOCU_DB.DEBE - DOCU_DB.HABER)) <> 0
ORDER BY TIDOC_DB.CODIGO,DOCU_DB.NUMFACT
 

2) Puedes usar el mismo HAVING que usas, pero agregando una condición:

Código MySQL:

SELECT
  TIDOC_DB.NOMBRE,
  DOCU_DB.NUMFACT,
  fecha,
  SUM(debe) deb,
  SUM(haber) hab,
  SUM((DOCU_DB.DEBE - DOCU_DB.HABER)) total
FROM
  CLIEN_DB INNER JOIN DOCU_DB ON CLIEN_DB.NREGUIST = DOCU_DB.NRUTFACT
  INNER JOIN
  TIDOC_DB ON DOCU_DB.TDOCNETEO = TIDOC_DB.NUM
WHERE
  (DOCU_DB.NRUTFACT = '4990')
  AND
  (FECHA BETWEEN '01/01/2005' AND '31/12/2010')
GROUP BY  numfact, codigo, nombre, fecha
HAVING SUM((DOCU_DB.DEBE - DOCU_DB.HABER)) IN(0,1)
ORDER BY TIDOC_DB.CODIGO,DOCU_DB.NUMFACT
 

o bien:

Código MySQL:

SELECT
  TIDOC_DB.NOMBRE,
  DOCU_DB.NUMFACT,
  fecha,
  SUM(debe) deb,
  SUM(haber) hab,
  SUM((DOCU_DB.DEBE - DOCU_DB.HABER)) total
FROM
  CLIEN_DB INNER JOIN DOCU_DB ON CLIEN_DB.NREGUIST = DOCU_DB.NRUTFACT
  INNER JOIN
  TIDOC_DB ON DOCU_DB.TDOCNETEO = TIDOC_DB.NUM
WHERE
  (DOCU_DB.NRUTFACT = '4990')
  AND
  (FECHA BETWEEN '01/01/2005' AND '31/12/2010')
GROUP BY  numfact, codigo, nombre, fecha
HAVING (DOCU_DB.DEBE + DOCU_DB.HABER)<=1
ORDER BY TIDOC_DB.CODIGO,DOCU_DB.NUMFACT
 

En fin, hay mchos juegos aritmético-lógicos que se pueden inventar para obtener el filtrado, lo que debes hacer es analizar qué condición se cumple exclusivamente con los registros que debes eliminar, y usar esa condición para excluirlos...