Hace como 1 año yo tuve un problema similar. El problema fué tan grave que hasta Google llegó a clasificar el sitio como de riezgo, hasta que resolviera el problema.
Cuando bajamos todo el sitio completo a la computadora, decidimos escanearlo con un antivirus (en este caso creo que fué con el AVG 9). El antivirus descubrió el problema y luego subiamos de nuevo el sitio y el problema se acabó.
Aquí te dejo este link
http://www.forosdelweb.com/f118/viru...dpress-729958/
Me avisas como te va. Saludos.