el primer paso me imagino es saber si realmente puedes ejecutar algún comando en tu sistema...
sigue ejemplos básicos, como escribir un archivo, abrir algo, etc... hay ejemplos en el manual de PHP, también podrías usar la función
system()
http://php.net/system
recuerda que en Windows es importante escapar la barra invertida para cualquier ruta:
X:\\la\\ruta\\del.bat
pueden ser muchos factores, incluida la sintaxis misma del comando a ejecutar y las restricciones propias del sistema, todo esta información debe estar incluida en el manual no escatimes el investigar adecuadamente... (: