cuando hablamos de archivos externos, osea Javascript y CSS no se trata entonces de PHP, la solución no viene de PHP...
para los estilos y scripts no hay nada mejor que usar rutas absolutas:
Código HTML:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/css/style.css"/>
<script type="text/javascript" src="/js/jquery.min.js"></script>
la barra inicial de
/css es el equivalente a la dirección raíz de tu servidor, osea:
Código HTML:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://localhost/css/style.css"/>