Hola:
De lo que creo que he entendido de las preguntas, la número 0, o sea identificar un campo co name porcentaje[]... simplemente debes referenciarlo como cadena entrecorchetada...
document.forms.miform["porcentaje[]"]...
Sobre lo de una opciçon u otra... quizá debas usar en vez de checks, unos radios (y no necesitas javascript)
La otra cosa, creo que hay algo en nuestras FAQs.
Saludos
