Graba como PNG, no como JPG. Específicamente como png de 24 bits + canal alpha. No las variantes de 8 bits.
El formato jpg no admite transparencia en ninguna de sus variantes.
Y recuerda siempre grabar tu archivo de trabajo, el del recorte etc, en el formato nativo psd, así te podrás regresar para hacer alguna modificación y volver a generar un png.
O probablemente la respuesta sea que dejes tus archivos en un lugar menos húmedo...
Saludos.
