Si estás trabajando Facebook en modo FBML, Facebook reescribirá tu código javascript para preservar su seguridad y la de sus usuarios. Lo que Facebook permite usar en esa modalidad es un javascript limitado llamado
FBJS.
Si querés usar javascript normal dentro de Facebook, tenés que configurar la aplicación en modo iframe, con lo que eso implica: usar FacebookConnect para requerir identidad y permisos, imposibilidad de usar tu app dentro de una fanpage, uso de código xfbml en lugar de fbml, etc.