Hola!
Pues la solución es sencilla, tienes que crear otro css donde se ve bien para IE, pero teniendo aparte el tuyo de MF
Para ello, añade tu css entre este code, de modo que solo afectará a IE
Código HTML:
Ver original<!--[if IE ]> Tu link de css <![endif]-->
De ese modo solo IE verá ese CSS, ahí modifica lo necesario para que se vea bien tu menú
Saludos