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[moNTeZIon]

Hola Bravenap!
La solución que necesitas es Web Deployment Project.
Se trata de una descarga a parte de Visual Studio. Tendrás que descargar el correspondiente a la versión de Visual Studio que utilices.
Se trata de "algo" que te ayuda a generar el proyecto en distintas modalidades, una de ellas la que necesitas: Una DLL por cada fichero.
Tiene otra modalidad que lo que hace es una DLL por cada carpeta del proyecto.
Y también tiene otra que hace una sola DLL para todo el proyecto, esta es la que suelo utilizar.
En fin, pruébalo un poco, y si te surge alguna duda en su uso, aquí estamos.
Saludos.