Funcionó!!!!!!!!!
Muchas gracias, no sabía ya como hacer! Con lo simple que era!
Cita:
Iniciado por lair 
Lo que pasa es que cuando haces esto:
header ("Content-Type: application/x-gzip");
header ("Content-Disposition: attachment; filename=".$destino);
es como decir que un archivo .doc al cambiarle la extencion a xls deja de ser doc y se convierte a xls. Por lo que la hacer eso con tu archivo zip termina por corromperse.
Segun entendi el archivo zip ya esta creado y este existe, si es asi por que no nadamas lo mandas llamar con un redirect:
header("Location: $destino");
Suerte.