Es que se supone que, si tenés un sistema X con 50 tablas y querés manipularlas, le tendrás que dar acceso al sistema a las 50 tablas
Sin embargo, si tu programa solamente manejará dos o tres tablas sin afectar las demás, es claro que no necesitás mapearlas todas. De todas formas fijate en cada ORM, de seguro alguno de ellos tiene alguna herramienta para crear el modelo de la tabla a partir de la estructura existente.
Saludos.