Ejecutar comandos shell, copiar, pegar, crear, etc. con php

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Hola Jask, todo lo que necesitas hacer se puede hacer con PHP sin problemas sin necesidad de ejecutar scripts.
Los scritps que ejecutes desde consola no reconocerán las variables PHP.
Para ejecutar comandos de consola necesitas la función exec o system. Mira el manual, con bastante simples de usar.
Creo que es mucho más facil hacerlo desde PHP directamente, además puedes conseguir algún fileManager gratuito por ahi.
Si te sigue dando problemas, postea un poco de código a ver qué pasa, saludos