Ya, te entiendo, pues a mi no me parece que sea lo ideal, pero si no tienes otra opción tendrás que instalarlo así y probar a ver que tal funciona, dejala un buen rato operando y monitorea las temperaturas con el everest u otro software similar.
Si te da problemas de temperatura, entre las opciones que puedes tomar para mitigar esas corrientes de aire encontradas puedes colocar un ventilador más eficiente pra el procesador que el que viene de fabrica que cuente con una buena potencia para expulsar el aire.
Un ejemplo (quizás sea demasiado pero es para graficar)
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Otra opción es utilizar otro caja (case, torre), por ejemplo uno que tenga la opción de colocar la fuente en la parte inferior, más alejada del cpu.
Otro ejemplo (nuevamente para graficar, fíjate en la caja no en el sistema de enfriamiento
)
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