Eso ocurre porque básicamente IE (sobre todo el 6) es una --> KK
Se debe a que no interpreta la hoja de estilo según el estándar.
Es el gran problema de la maquetación. Cada navegador interpreta a su manera.
Por ejemplo los margin y los padding varían.
Para solucionarlo puedes hacer uso de los !important o el hack de IE6 *
#capa{
*margin-top:10px; //IE6
margin-top: 30px; //los demás
}
De todas formas tampoco se ven las esquinas redondeadas muy bien, ni en IE, ni en FF, ni en chrome y el div contentarea es un poco mas ancho que la cabecera y el pie de página.
Un saludo