a ver, creo que estas muy confundido... al final, un archivo
.php lo que produce se le conoce como HTML...
y bueno, al final obtenemos HTML ya sea de un
.html o
.php o
.jsp o
.asp etc... esto es indistinto, debes considerar solamente aprender a usar jQuery con HTML...
una ves lo consigas es exactamente igual, al final se trata de HTML+JS...