DjTareK:
Tendría que ver el código de tus frame para asegurarme.Pero recorda, los links que quieras que carguen en el mismo marco tienen que tener por target="_self" y si querés que carguen en el otro marco, deben llevar target="nombredelmarco"
ejemplo
si en el martco superior, que esta siempre visible para que continue la ejecución tienes un link usas:
<a href="inicio.php" target="marco_inferior">link</a>
marco_inferior o como quieras lo hallas llamado en la página de frames
los links que esten en la parte de abajo, <a href="x.html" target="_self">link</a>
Saludos