Bueno, pues lo he solucionado. Os dejo el código por si le hace falta a alguien.
Saludos.
Código PHP:
for (i = 0; i < arbol.Nodes.Count; i++)
{
arbol.Nodes[i].SelectAction = TreeNodeSelectAction.None;
if (arbol.Nodes[i].ChildNodes.Count == 0)
{
arbol.Nodes.Remove(arbol.Nodes[i]);
i--;
}
}