uhhh por finnnnn solucione esto, me estaba volviendo totalmente loco, encontré una wiki de codeigniter en la que me tiró pasos muy precisos para eliminar el index.php
http://codeigniter.com/wiki/mod_rewrite/
Ahora me queda una sola cosa por hacer, en mi aplicacion uso unicamente un controlador. Saben si hay alguna manera de borrarlo tambien de la url???
muchas gracias por la paciencia y su ayuda