Eso lo haces en PHP, no en la base de datos.
Los datos numéricos no se almacenan jamás con puntos o comas, ni como cifras. Se almacenan como binarios, y el tipo de columna le determina al DBMS cómo será el dato a devolver, por lo que son las interfases gráficas las encargadas de dar formato a los valores devueltos.
Ni se te ocurra usar VARCHAR para almacenar valores numéricos. Lo único que lograrás será tener problemas con las consultas.
En cuanto a cómo representarlos en PHP, eso lo debes consultar en el
Foro de PHP (no es tema de bases de datos), pero te puedo anticipar que lo puedes encontrar en el manual on-line de php.net:
number_format()