Man, son muchas dudas, me perdí.
Ese espacio enorme que te aparece, es por culpa de esto.
El punto 1.
Pega tu .htaccess actual para que lo veamos y tomá una foto de como configuraste los permalinks.
Dejanos detalles de tu hosting, creo que alguna vez leí el por qué en algunos servidores había que dejar el index.php sino no funcionaba, pero algún entendido te guiará mejor.
Empezá por resolver un punto a la vez y no 20 al mismo tiempo. Es imposible para vos y más aún para nosotros que no tenemos acceso a nada, más que ver la salida en pantalla.