Suponiendo que tienes una carpeta llamada cpanel dentro de tu carpeta principal controllers
Por que no usas el routeador que para eso esta:
$route['cpanel/(.*)'] = 'cpanel/cpanel/$1'
Deberia de funcionar, obviamente todas las rutas relacionadas a la carpeta cpanel deben de estar como si la carpeta cpanel contenedora no existiera.
Ejm de un link
http://web.com/cpanel/action
No se si es lo que quieres, aunque para estos meneseteres ya se ha creado un complemento para hacerlo modular y es HMVC.
http://bitbucket.org/wiredesignz/cod...hmvc/wiki/Home
Cualquier duda, sigue preguntando ;)